Profil

Untuk Saat ini di Kota Kupang hanya ada 1 (satu) Madrasah Tsanawiyah Negeri  (MTs.N) yaitu : Madrasah Tsanwiyah Negeri Kupang  yang berlokasi di jalan Sangkar Mas Nomor 15 Kupang Kecamatan Alak Kelurahan Nunbaun Sabu Kota Kupang.
Awal terbentuknya  madrasah tersebut , dengan adanya SK Menteri Agama nomor 15 / Tahun 1979 lembaga pendidikan dasar mulai dapat menampakkan  perkembangan  yang positif, baik KBM, maupun sarana prasarananya. Dengan kehadiran MTs.N Kupang telah mendapat perhatian dari masyarakat muslim golongan menengah ke atas yang pada umumnya menghendaki agar  anak-anaknya  mendapat pendidikan  agama lebih banyak  dibandingkan di sekolah umum (SMP). Masuknya anak-anak dari keluarga muslim  golongan menengah ke atas yang kebanyakan mereka  juga para pemerhati  pendidikan,  pakar-pakar pendidikan, mengakibatkan  terjadinya kontak positif antara kepala madrasah ataupun para guru dengan para pengurus Komite. Bahkan ketua Komitenya  sebagai Ketua MUI Provinsi NTT, yang memiliki ruhul jihad tinggi. Kebersamaan Komite dengan Kepala madrasah berusaha menampilkan  Madrasah Tsanawiyah  Negeri Kupang pada tataran paling depan, demi syiar Islam, untuk membuktikan bahwa Islam itu “ Ya’lu wa laa yu’la alaih”

Sejak didirikan Madrasah Tsanawiyah Negeri Kupang  sudah tujuh  kali ganti  kepala sekolah. Namun, selalu terus mengalami  kemajuan perkembangannya, masyarakat orang tua  yang tergabung dalam Komite diwakili oleh pengurusnya selalu berperan  sebagaimana fungsinya, memberikan kontribusi dalam memajukan madrasah.
Membagun Kerjasama
Keterlibatan MTs.Negeri Kupang dalam wadah Musyawarah Kerja Kepala Sekolah (MKKS) SMP / MTs Kota Kupang sangat strategis dan bermanfaat. 
    Selain itu, antusiasme Pemerintah Kota Kupang khususnya Dinas Pendidikan Kota selalu memperhatikan dan melibatkan MTs. Negeri Kupang dalam segala kegiatan yang berkaitan dengan pengembangan pendidikan. Hal ini didasari atas pola yang dikembangkan  di Madrasah ini selalu menciptakan iklim kerja yang fleksibel dan selalu meperluas jaringan kerja yang optimal tanpa membedakan hal – hal yang bersifat ekslusif / khusus.
Pekembanagan Lembaga
        Secara bertahap  setiap tahun selalu membenah diri baik dalam hal manajemen maupun sarana dan lingkungan.Madrasah selalu mengoptimalkan seluruh potensi yang dimiliki oleh semua komponen yang ada sehingga secara bertahap kegiatan manajerialnya semakain terarah dan sesuai dengan yang diharapkan. 
 Madrasah selalu berupaya untuk melengkapi fasilitas pendukung kegiatan pembelajaran untuk meningkatkan mutu pendidikan.
    Apresiasi yang positif dari Pemda Kota Kupang terhadap MTs. Negeri Kupang salah satunya didasari pada partisipasi aktif kita dalam kegiatan Pemda Kota Kupang terurtama berkaitan dengan pendidikan. Bahkan secara terbuka Kepala Dinas Pendidikan Kota Kupang menyatakan dalam forum seminar tentang UKS yang dilansir oleh media massa ( Timor Expres ) akhir Nopember 2007 bahwa UKS MTs. Negeri Kupang adalah UKS terbaik di Kota Kupang yang akan dipersiapkan untuk mengikuti Jembore UKS di Taman Ismail Marzuki (TIM) Jakarta Oktober 2008. 
Apresiasi positif dan prestasi yang langkah ini tetap dipertahankan dan secara bertahap selalu ada upaya pengembangan ke arah yang lebih baik. 
Pernyatan yang sama pula disampaikan oleh Pemerintah Kota Kupang Drs.  Daniel Hurek sekalu Walikota  Kupang saat melakukan kunjangan ke MTs.Negeri Kupang tanggal 18 Maret 2010 untuk melihat secara dekat kondisi dan persiapan UKS MTs.N Kupang dalam mengikuti Lomba Sekolah Sehat  (LSS) Tingkat Provinsi NTT.